Như đã đề cập, mè đen được xem như một loại thuốc theo y học cổ truyền. Loại hạt này có vị ngọt, tính bình, tác dụng chính là sáng mắt, dưỡng huyết, nhuận táo, bổ ngũ tạng, hư nhược, ích khí lực, bền gân cốt,... Ngoài ra còn dùng ngoài đắp để trị sưng tấy, làm lành vết bỏng.